第二季开篇，达·芬奇在佛罗伦萨的地下墓穴中发现了一幅不属于任何时代的星图。与此同时，罗马教廷派出名为“圣焰修士团”的秘密组织，由一位同样精通科学与神秘学的“数学家”洛伦佐带队，开始系统性地摧毁达·芬奇所有未完成的作品。达·芬奇在逃亡中逐渐意识到，洛伦佐正是他少年时期在芬奇镇一起研究鸟类的挚友。两人因一场实验事故分道扬镳，如今洛伦佐认为达·芬奇触碰了不该存在的“负宇宙”规则。本季将穿越威尼斯、奥斯曼帝国与苏格兰高地，达·芬奇在最后一集用一架巨型旋转镜将月光聚焦，打开了一扇通往“镜像历史”的门。
这一季彻底脱离了历史传记的束缚，成为一部充满火药味的哲学惊悚片。达·芬奇与洛伦佐的对手戏堪称顶级，每一场智力交锋都像在解剖人性。虽然穿越元素略显突兀，但制作组用极致的视觉美学彻底征服了观众。
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